Recent Bioconductor project


I need to update my various teaching projects to use the latest R and Bioconductor release (3.15). I didn’t find any recent template searching for Bioconductor - is there one available? Could anyone point me to it?

Thank you in advance!

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Hi @lgatto - the current default bioconductor template uses release 3.15: renku-project-template/Dockerfile at master · SwissDataScienceCenter/renku-project-template · GitHub

Hope that helps!

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Quick follow up question, as I hit an error at the last step of the Docker file (which explicitly say " Do not edit this section and do not add anything below")

Step 12/12 : RUN if [ -n "$RENKU_VERSION" ] ; then         source .renku/venv/bin/activate ;         currentversion=$(renku --version) ;         if [ "$RENKU_VERSION" != "$currentversion" ] ; then             pip uninstall renku -y ;             gitversion=$(echo "$RENKU_VERSION" | sed -n "s/^[[:digit:]]\+\.[[:digit:]]\+\.[[:digit:]]\+\(rc[[:digit:]]\+\)*\(\.dev[[:digit:]]\+\)*\(+g\([a-f0-9]\+\)\)*\(+dirty\)*$/\4/p") ;             if [ -n "$gitversion" ] ; then                 pip install --force "git+$gitversion" ;            else                 pip install --force renku==${RENKU_VERSION} ;            fi         fi     fi
 ---> Running in 1d0d994bb630
Found existing installation: renku 1.6.0
Uninstalling renku-1.6.0:
  Successfully uninstalled renku-1.6.0
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement renku=={{ (from versions: 0.1.0.dev20180405, 0.1.0.dev20180518, 0.1.0.dev20180604, 0.1.0.dev20180614, 0.1.0.dev20180618, 0.1.0.dev20180621, 0.2.0.dev20180823, 0.2.0rc1, 0.2.0rc2.dev20180824, 0.2.0, 0.2.1.dev98, 0.3.0a1, 0.3.0a2.dev1, 0.3.0a2.dev9, 0.3.0a2.dev10, 0.3.0a2.dev11, 0.3.0a2.dev15, 0.3.0, 0.3.0.post1, 0.3.0.post2, 0.3.0.post3.dev1, 0.3.0.post3.dev9, 0.3.0.post3.dev10, 0.3.1, 0.3.2.dev11, 0.3.2, 0.3.2.post1, 0.3.2.post2.dev12, 0.3.3, 0.3.4.dev13, 0.3.4.dev16, 0.3.4.dev18, 0.3.4.dev20, 0.3.4.dev21, 0.3.4.dev28, 0.3.4.dev29, 0.3.4.dev30, 0.3.4.dev31, 0.3.4.dev33, 0.3.4.dev34, 0.3.4.dev35, 0.3.4.dev36, 0.3.4.dev37, 0.3.4.dev39, 0.3.4.dev40, 0.3.4.dev41, 0.3.4.dev44, 0.3.4.dev45, 0.3.4.dev46, 0.3.4.dev47, 0.3.4.dev49, 0.3.4.dev50, 0.3.4.dev51, 0.3.4.dev52, 0.3.4.dev53, 0.3.4.dev54, 0.3.4.dev56, 0.3.4.dev58, 0.3.4.dev61, 0.4.0a1, 0.4.0a2, 0.4.0a3, 0.4.0a4, 0.4.0a5, 0.4.0a6.dev2, 0.4.0, 0.4.1.dev5, 0.4.1.dev7, 0.4.1.dev9, 0.4.1.dev11, 0.4.1.dev12, 0.4.1.dev13, 0.4.1.dev16, 0.4.1.dev17, 0.4.1.dev18, 0.4.1.dev19, 0.4.1.dev20, 0.4.1.dev21, 0.4.1.dev24, 0.4.1.dev25, 0.4.1.dev26, 0.4.1.dev27, 0.4.1.dev29, 0.5.0, 0.5.1.dev1, 0.5.1.dev2, 0.5.1.dev3, 0.5.1.dev6, 0.5.1.dev7, 0.5.1.dev8, 0.5.1.dev9, 0.5.1.dev10, 0.5.1.dev11, 0.5.1.dev13, 0.5.1.dev14, 0.5.1.dev15, 0.5.1.dev16, 0.5.1.dev17, 0.5.1.dev18, 0.5.1.dev19, 0.5.1.dev20, 0.5.1.dev21, 0.5.1.dev22, 0.5.1.dev23, 0.5.1.dev25, 0.5.1.dev26, 0.5.1.dev27, 0.5.1.dev28, 0.5.1.dev29, 0.5.1.dev30, 0.5.1.dev31, 0.5.1, 0.5.2.dev4, 0.5.2.dev5, 0.5.2, 0.5.3.dev1, 0.5.3.dev2, 0.5.3.dev3, 0.5.3.dev4, 0.5.3.dev5, 0.5.3.dev6, 0.5.3.dev7, 0.5.3.dev8, 0.5.3.dev9, 0.5.3.dev10, 0.5.3.dev13, 0.5.3.dev18, 0.5.3.dev31, 0.6.0, 0.6.1.dev1, 0.6.1.dev2, 0.6.1, 0.7.0, 0.7.1.dev5, 0.7.1.dev6, 0.7.1.dev7, 0.7.1, 0.7.2, 0.8.0, 0.8.1, 0.8.2.dev1, 0.8.2, 0.8.3.dev1, 0.8.3.dev2, 0.8.3.dev3, 0.8.3.dev4, 0.8.3.dev5, 0.8.3.dev6, 0.8.3.dev7, 0.8.3.dev9, 0.8.3.dev10, 0.8.3.dev11, 0.8.3.dev12, 0.8.3.dev34, 0.8.3.dev35, 0.8.3.dev36, 0.8.3.dev37, 0.8.3.dev38, 0.8.3.dev39, 0.8.3.dev40, 0.8.3.dev41, 0.8.3.dev44, 0.8.3.dev45, 0.8.3.dev47, 0.8.3.dev49, 0.8.3.dev53, 0.8.3.dev54, 0.8.3.dev56, 0.8.3.dev57, 0.8.3.dev60, 0.8.3.dev61, 0.8.3.dev62, 0.8.3.dev64, 0.8.3.dev65, 0.8.3.dev66, 0.8.3.dev67, 0.8.3.dev69, 0.8.3.dev71, 0.8.3.dev72, 0.8.3.dev76, 0.8.3.dev78, 0.8.3.dev80, 0.8.3.dev82, 0.9.0, 0.9.1.dev2, 0.9.1.dev3, 0.9.1.dev6, 0.9.1.dev7, 0.9.1.dev8, 0.9.1.dev10, 0.9.1.dev11, 0.9.1.dev12, 0.9.1.dev17, 0.9.1.dev19, 0.9.1.dev20, 0.9.1.dev22, 0.9.1.dev26, 0.9.1.dev27, 0.9.1.dev29, 0.9.1.dev32, 0.9.1.dev33, 0.9.1.dev34, 0.9.1.dev35, 0.9.1.dev36, 0.9.1.dev38, 0.9.1.dev39, 0.9.1.dev40, 0.9.1.dev41, 0.9.1.dev43, 0.9.1.dev44, 0.9.1.dev45, 0.9.1.dev46, 0.9.1, 0.9.2.dev1, 0.9.2.dev2, 0.9.2.dev3, 0.9.2.dev4, 0.9.2.dev5, 0.9.2.dev6, 0.9.2.dev7, 0.9.2.dev8, 0.9.2.dev9, 0.9.2.dev11, 0.9.2.dev12, 0.9.2.dev17, 0.9.2.dev18, 0.9.2.dev20, 0.9.2.dev21, 0.9.2.dev22, 0.9.2.dev23, 0.9.2.dev24, 0.9.2.dev25, 0.9.2.dev26, 0.9.2.dev27, 0.9.2.dev28, 0.10.0, 0.10.1.dev5, 0.10.1.dev6, 0.10.1, 0.10.2, 0.10.3.dev1, 0.10.3.dev2, 0.10.3.dev3, 0.10.3.dev4, 0.10.3.dev5, 0.10.3.dev6, 0.10.3.dev7, 0.10.3.dev8, 0.10.3.dev10, 0.10.3.dev11, 0.10.3.dev14, 0.10.3.dev15, 0.10.3.dev17, 0.10.3.dev18, 0.10.3.dev19, 0.10.3.dev21, 0.10.3.dev22, 0.10.3.dev23, 0.10.3.dev24, 0.10.3.dev25, 0.10.3.dev26, 0.10.3.dev27, 0.10.3, 0.10.4.dev2, 0.10.4.dev3, 0.10.4.dev7, 0.10.4.dev10, 0.10.4.dev12, 0.10.4.dev13, 0.10.4.dev14, 0.10.4.dev16, 0.10.4.dev17, 0.10.4.dev18, 0.10.4.dev19, 0.10.4.dev25, 0.10.4.dev26, 0.10.4.dev27, 0.10.4.dev28, 0.10.4.dev29, 0.10.4.dev30, 0.10.4.dev31, 0.10.4.dev33, 0.10.4.dev35, 0.10.4, 0.10.5.dev1, 0.10.5.dev3, 0.10.5.dev4, 0.10.5.dev5, 0.10.5.dev6, 0.10.5.dev7, 0.10.5.dev9, 0.10.5.dev10, 0.10.5.dev11, 0.10.5.dev13, 0.10.5.dev14, 0.10.5.dev15, 0.10.5.dev16, 0.10.5.dev17, 0.10.5.dev18, 0.10.5.dev19, 0.10.5.dev20, 0.10.5.dev21, 0.10.5.dev30, 0.10.5.dev31, 0.10.5.dev62, 0.10.5.dev63, 0.10.5.dev64, 0.10.5.dev65, 0.10.5.dev66, 0.10.5.dev67, 0.10.5.dev69, 0.10.5.dev70, 0.10.5.dev71, 0.10.5.dev72, 0.10.5.dev73, 0.10.5.dev75, 0.10.5.dev76, 0.10.5.dev77, 0.10.5.dev78, 0.10.5.dev80, 0.10.5.dev81, 0.10.5.dev82, 0.10.5.dev83, 0.10.5.dev84, 0.10.5.dev86, 0.10.5, 0.11.0, 0.11.1.dev1, 0.11.1, 0.11.2.dev2, 0.11.2.dev22, 0.11.2, 0.11.3.dev11, 0.11.3.dev18, 0.11.3.dev20, 0.11.3.dev25, 0.11.3.dev27, 0.11.3.dev28, 0.11.3.dev31, 0.11.3.dev35, 0.11.3.dev47, 0.11.3.dev49, 0.11.3.dev52, 0.11.3, 0.11.4, 0.11.5, 0.11.6, 0.12.0, 0.12.1.dev11, 0.12.1.dev12, 0.12.1.dev13, 0.12.1, 0.12.2.dev2, 0.12.2.dev3, 0.12.2.dev4, 0.12.2.dev5, 0.12.2.dev6, 0.12.2.dev7, 0.12.2.dev8, 0.12.2.dev9, 0.12.2.dev11, 0.12.2.dev12, 0.12.2.dev13, 0.12.2.dev15, 0.12.2.dev16, 0.12.2.dev17, 0.12.2.dev19, 0.12.2.dev20, 0.12.2.dev21, 0.12.2.dev25, 0.12.2, 0.12.3.dev2, 0.12.3.dev3, 0.12.3.dev5, 0.12.3.dev6, 0.12.3.dev9, 0.12.3.dev10, 0.12.3.dev11, 0.12.3.dev12, 0.12.3.dev13, 0.12.3.dev14, 0.12.3.dev18, 0.12.3.dev19, 0.12.3.dev20, 0.12.3.dev21, 0.12.3.dev23, 0.12.3, 0.13.0, 0.13.1.dev3, 0.13.1.dev4, 0.13.1.dev5, 0.13.1.dev6, 0.13.1.dev7, 0.13.1.dev8, 0.13.1.dev9, 0.13.1.dev13, 0.13.1.dev14, 0.13.1.dev15, 0.13.1.dev17, 0.13.1.dev20, 0.13.1.dev21, 0.13.1.dev22, 0.13.1.dev23, 0.13.1.dev27, 0.13.1.dev28, 0.13.1.dev29, 0.13.1.dev31, 0.13.1.dev32, 0.13.1.dev33, 0.14.0, 0.14.1.dev3, 0.14.1.dev5, 0.14.1.dev6, 0.14.1.dev7, 0.14.1, 0.14.2.dev2, 0.14.2.dev3, 0.14.2.dev6, 0.14.2.dev8, 0.14.2, 0.14.3.dev1, 0.14.3.dev3, 0.14.3.dev5, 0.14.3.dev6, 0.14.3.dev7, 0.14.3.dev9, 0.15.0, 0.15.1, 0.16.0, 0.16.1, 0.16.1.post1, 0.16.2, 0.16.3, 0.16.4, 0.16.5, 0.16.6, 0.16.7, 0.17.0rc1, 1.0.0rc1, 1.0.0, 1.0.1, 1.0.2, 1.0.3, 1.0.4, 1.0.5, 1.0.6, 1.1.0, 1.1.1, 1.1.2, 1.1.3, 1.1.4, 1.2.0, 1.2.1, 1.2.2, 1.2.3, 1.2.4, 1.3.0, 1.3.1, 1.4.0, 1.5.0, 1.6.0, 1.7.0, 1.7.1)
ERROR: No matching distribution found for renku=={{
WARNING: You are using pip version 21.3.1; however, version 22.2.2 is available.
You should consider upgrading via the '/home/jovyan/.renku/venv/bin/python -m pip install --upgrade pip' command.
The command '/bin/bash -c -o pipefail if [ -n "$RENKU_VERSION" ] ; then         source .renku/venv/bin/activate ;         currentversion=$(renku --version) ;         if [ "$RENKU_VERSION" != "$currentversion" ] ; then             pip uninstall renku -y ;             gitversion=$(echo "$RENKU_VERSION" | sed -n "s/^[[:digit:]]\+\.[[:digit:]]\+\.[[:digit:]]\+\(rc[[:digit:]]\+\)*\(\.dev[[:digit:]]\+\)*\(+g\([a-f0-9]\+\)\)*\(+dirty\)*$/\4/p") ;             if [ -n "$gitversion" ] ; then                 pip install --force "git+$gitversion" ;            else                 pip install --force renku==${RENKU_VERSION} ;            fi         fi     fi' returned a non-zero code: 1
Cleaning up project directory and file based variables
ERROR: Job failed: exit code 1

Hi @lgatto,

This is because you copied in the Dockerfile from the template directly. If you instantiate a new project from the Renku UI, line 46: Dockerfile · master · Laurent Gatto / WSBIM-bioinfo · GitLab will be filled in, so it should be


You won’t need to upgrade pip after that either. Try that - it should work.


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Thank you very much!

I thought that setting the default to the current latest version would have worked - sorry if I missed this setting in the template documention.

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